1992年9月28日，国家教育部、民政部正式批准：北京医科大学校友会符合社会团体登记的有关规定，准予注册登记(登记证：社证字第3921号)。从此，北京医科大学校友会正式成立，成为可以在全国范围内活动、具有法人资格的社会团体。校友会宗旨是服务广大校友，加强国内外校友之间、校友与母校之间的联系和团结，发扬北医的优良传统，围绕学校的发展和中心工作为母校作出贡献。
1992年，北医建校八十周年庆典之后，从学校的机构设置上成立了北医校友联络处，挂靠在校长办公室，由一名专职人员负责。
1995年底，由于人员调动，校友联络处挂靠在两办，由两办副主任兼职负责。
1995年，由当时的书记、校长、校友会会长王德炳教授带队，前往美国旧金山、波士顿、纽约、南加州、华盛顿、休斯敦六大城市，看望海外校友，成立校友分会成立并组成全美北医校友会。
1997年，北医85周年校庆，北医着手帮助建立校友分会，确定了包括北美、香港、澳门和国内各省市校友工作的主要负责人。
2000年4月，北京大学和北京医科大学两校合并。
2001年10月27-28日，北京大学在珠海召开校友工作研讨会，对两个校友会的关系进行了讨论，确定遵循“自愿融合，不要强迫，顺其自然，水到渠成”的原则开展校友工作和活动。之后，北医校友会也参与到北大校友会和教育基金会的工作和活动中，包括擦参加理事会议，工作会议，研讨会等。
北京大学校友会和北京医科大学校友会在和谐的氛围中保持着相互支持、通力合作、资源共享、共同促进的良好关系。
2004年7月，医学部校友工作开始由专人负责，校友工作办公室正式成立。
2007年10月26日，北医校友会换届选举产生新一届理事会、常务理事会和秘书处，校友会会长是北大常务副校长、医学部常务副主任柯杨教授。
2012年10月26日，北医校友会第五届校友代表大会召开，选举产生新一届理事会、常务理事会和秘书处，北京大学常务副校长、医学部常务副主任柯杨当选为会长。
2017年12月14日，北医校友会第六届校友代表大会召开，选举产生新一届理事会、常务理事会和秘书处，柯杨当选为会长。
2022年10月25日，北医校友会第六届校友代表大会召开，选举产生新一届理事会、常务理事会和秘书处，柯杨当选为会长。
