2007年，北京大学教育基金会内设“北京大学医学教育基金”项目；2009年，北京大学教育基金会通过了《北京大学医学教育基金章程》；同年，医学部成立医学教育基金管理办公室（简称：基金办），与医学部校友工作办公室合署办公。成立以来，基金办始终遵循北大医学的发展思路，紧紧围绕北大医学发展目标和远景规划，积极协调优化各方筹资活动，广泛募集社会捐赠。截至2024年底，社会捐赠总金额累计逾30亿元，已成为医学部财政来源和北京大学筹资总额中的重要组成部分，全面支持教育教学、学科发展、人才培养、医疗服务、国际交流、校园建设等。
