2007年，北京大学教育基金会内设“北京大学医学教育基金”项目；2009年，北京大学教育基金会通过了《北京大学医学教育基金章程》；同年，医学部成立医学教育基金管理办公室（简称：基金办），与医学部校友工作办公室合署办公。
成立以来，基金办始终遵循北大医学的发展思路，紧紧围绕北大医学发展目标和远景规划，积极协调优化各方筹资活动，广泛募集社会捐赠。近年来，在医学部领导重视和统筹部署下，捐赠工作得到了快速发展，先后成立了“北京大学发树医学发展基金”“北京大学中外建教育基金-医学发展项目”“北京大学康师傅数助大健康项目”等，2016年签约金额0.51亿元、2017年签约金额0.35亿元、2018年签约金额5.63亿元、2019年签约金额3.69亿元，为学校医疗、教学、科研和校园建设等各项工作的开展提供了有力支持。
在抗击新冠肺炎疫情期间，基金办积极发挥对外联系广大校友和社会各界朋友的窗口优势，对接全球各地校友各界朋友的捐资捐物，高效高质完成100多项资金、实物、保险保障、服务类福利等捐赠项目，有力地支持了学校援鄂医疗队和在京各附属医院的防疫工作。其中，累计接收捐赠应急医疗物资46批次，主要包括口罩约90000个、防护服约7800套、隔离衣约2000套、护目镜约9100多个、手套544000只、消毒液670桶、免洗手消毒液2200瓶、仪器设备530台等；设立“北京大学世纪金源医学基金”“北京大学企业家俱乐部白衣天使守护基金”等多类专项基金长期支持卫生应急工作，总签约金额1.6亿多元；签署3项守护北大医学抗疫一线的医护人员以及全体北医师生的免费保险保障，累计赔偿限额约78.902亿元人民币；同时围绕学生就业、援鄂医疗队休养等工作，充分发挥校友和捐赠工作的窗口优势，积极协调对接各类资源，协助其他相关部门开展支持北医师生的合作。
